Berbeza dengan Yang di-Pertuan Agong dipilih setiap lima tahun di antara sembilan pemerintah negeri-negeri di Malaysia, Raja Permaisuri Agong bukan dipilih dari kalangan permaisuri atau sultanah tetapi sebagai kemuliaan yang dikurniakan kepada isteri seseorang raja atau sultan sesuatu negeri untuk menjadi suri baginda yang setaraf apabila suaminya telah terpilih untuk memegang jawatan Yang di-Pertuan Agong. Walaupun pemegang gelaran Raja Permaisuri Agong berubah setiap lima tahun, kemangkatan, perceraian atau perletakan jawatan Yang di-Pertuan Agong juga boleh memendekkan tempoh gelaran bagi Raja Permaisuri Agong.

Mengikut Perkara 32 (2) Perlembagaan Persekutuan Malaysia, isteri Yang di-Pertuan Agong (digelar Raja Permaisuri Agong) hendaklah diberi keutamaan daripada segala orang lain di dalam Persekutuan selepas Yang di-Pertuan Agong. Walau bagaimanapun, jawatan tersebut bukanlah suatu kewajiban khusus yang termaktub di dalam perlembagaan dan juga asas pemilihan bagi seseorang raja ketika dipilih oleh Majlis Raja-raja sebagai Yang di-Pertuan Agong.

Lazimnya, Raja Permaisuri Agong akan mengiringi Yang di-Pertuan Agong dalam lawatan rasmi dan tidak rasmi serta upacara diraja dan kenegaraan serta menerima turut kunjungan ketua negara dan pasangan mereka. Perkara 34 Perlembagaan Malaysia melarang Raja Permaisuri Agong daripada memegang apa-apa pelantikan, membawa apa-apa saraan, atau secara aktif terlibat dalam mana-mana perusahaan komersial. Raja Permaisuri Agong, bagaimanapun, berhak secara sah untuk menerima bayaran tahunan yang termasuk dalam Saraan Diraja Yang di-Pertuan Agong.[1]

Pemegang gelaran Raja Permaisuri Agong yang suaminya mangkat ketika menjawat masih menerima pencen daripada Saraan Diraja Kerajaan Persekutuan. Mereka juga mendapat keutamaan sebaik selepas Yang di-Pertuan Agong yang memerintah, Raja Permaisuri Agong terkini, raja-raja yang masih memerintah, dan Yang di-Pertua Negeri. Kini, hanya seorang sahaja yang menerima keutamaan tersebut iaitu Yang Amat Mulia Permaisuri Siti Aishah.